Matarrese story, 2000-08. Stadio vuoto, scampata retrocessione...

La prima estate del nuovo millennio trascorre senza grossi sussulti. Viene riconfermata in blocco la squadra che ha fatto bene negli anni passati con l'aggiunta di diversi giovani promettenti provenienti dal vivaio. Il campionato, causa olimpiadi, inizia tardissimo, il 30 settembre. Le uniche gare ufficiali sono quelle di Coppa Italia con il Torino da cui i galletti escono sconfitti. Al termine della gara d'andata nascono delle tensioni tra Garzya, Mancini e mister Fascetti. I due giocatori vengono ceduti in tutta fretta. Sono rimpiazzati dallo svizzero Mazzarelli e dal giovane Rossi e, in seguito, dal belga Jean Francois Gillet. 

Il torneo comincia male per i galletti. La prima vittoria arriva solo all'ottava giornata. I tifosi contestano; gli ultras attuano la diserzione nelle gare interne. Il girone d'andata è un disastro, quello di ritorno, nonostante l'arrivo del bomber Poggi, è ancora peggio. Il Bari totalizza appena 20 punti e retrocede con largo anticipo. L'unica soddisfazione è la vittoria nel derby col Lecce, vinto nei minuti di recupero grazie a un gol di Poggi con Fascetti che, polemicamente, mostra le corna ai tifosi in tribuna. Dopo segue una serie di cinque sconfitte consecutive. Quella col Perugia, col Bari capace di farsi rimontare dopo aver condotto per oltre un'ora sul 3-0, determina l'esonero di Fascetti. Il suo posto viene preso dal tecnico della Primavera Arcangelo Sciannimanico. Una retrocessione sulla quale, forse, ha pesato come un macigno anche la vicenda di Punti Perotti, che provocherà un grave danno economico alla Matarrese Spa (holding di cui fa parte anche l'As Bari). Cassano viene ceduto alla Roma per circa sessanta miliardi di lire. Si tratta della cessione più redditizia nella storia del club pugliese. 

Ha inizio un periodo difficile per la società biancorossa. Dal 2001 fino al 2008 il Bari rimarrà in pianta stabile in serie B. Il primo anno tra i cadetti a partire dal 1997 comincia con il prosieguo della contestazione degli ultras. Per tutto il campionato la curva nord rimane desolatamente vuota. Sul campo la squadra, profondamente rinnovata, fatica a calarsi nella nuova categoria. Dopo la sconfitta interna col Napoli salta Sciannimanico, sostituito dal più esperto Attilio Perotti. Il tecnico lombardo conduce i galletti alla salvezza raggiungendo, grazie a una serie di vittorie nelle ultime gare, il settimo posto. Durante la stagione si parla anche di una cordata interessata all'acquisizione del club. I Matarrese chiedono 125 miliardi di lire. Una cifra enorme che determina l'immediata chiusura della trattativa, ammesso che sia mai esistita. 

Il settimo posto finale illude la dirigenza sulle potenzialità di un gruppo i cui cardini rimangono il bomber Spinesi, i difensori De Rosa e Neqrouz, il centrocampista D'Agostino e la giovane punta Luigi Anaclerio, barese di Japigia. Il 2002/03 inizia quindi tra qualche entusiasmo di troppo e il sogno di tornare in A. Anche i proclami di Vincenzo Matarrese non aiutano. "Se non andiamo in A mi dimetto" dichiara ad inizio campionato. Partito bene, il Bari entra in crisi ad ottobre e non ne esce fino ad aprile, quando il carisma di Marco Tardelli (subentrato a Perotti a gennaio) e i gol di Spinesi consentono di raggiungere la salvezza. 

L'estate del 2003 è caratterizzata dal caso Catania e dalla riforma dei campionati. Per un anno si ha una serie B a 24 squadre con 6 promozioni (5 dirette più un'altra attraverso i play-off con la quart'ultima della A). Un'occasione allettante per tentare il salto. E in effetti il Bari il salto lo fa, ma al contrario. Dopo una serie di sconfitte inopinate Tardelli viene esonerato. Al suo posto viene chiamato Giuseppe Pillon. La squadra, fragile in difesa e debole in attacco, non riesce tuttavia ad uscire dalla zona calda della classifica. I galletti totalizzano 50 punti in 46 partite che non bastano per ottenere la salvezza. E la frangia più calda del tifo perde la pazienza. Il 3 aprile mentre il pullman dei biancorossi sta tornando verso il capoluogo pugliese dopo la sconfitta di Messina alcuni ultras costringono l'autista del mezzo a fermarsi sull'autostrada, salgono a bordo, insultano e picchiano alcuni calciatori. Un episodio disdicevole. Gli spareggi col Venezia prolungano l'agonia. Dopo la vittoria per 1-0 nella gara d'andata il Bari crolla nel match di ritorno. Le reti di Brellier e Biancolino chiudono una stagione nera. Il ripescaggio tra i cadetti avvenuto meno di un mese dopo a causa del fallimento del Napoli è solo un palliativo che non placa le ire dei tifosi. 

L'unico modo che ha la società per calmare le acque è rivoluzionare la squadra. Vanno via quasi tutti i giocatori delle passate stagioni. Se ne va anche il ds Regalia sostituito dal giovane Fausto Pari. Il nuovo allenatore è l'aretino Guido Carboni che porta con sè diversi giocatori avuti alla Viterbese un anno prima: Gazzi, Sibilano, Bianconi e Santoruvo. Dopo un avvio stentato il Bari disputa un grande girone di ritorno ottenendo la salvezza con 3 turni d'anticipo. La stagione successiva ci si aspetta qualcosa in più. Il gruppo sembra più maturo e in grado di inserirsi in zona play-off. Ma anche in questo caso un girone d'andata al di sotto delle aspettative preclude la via ad ogni possibile discorso promozione. Il Bari chiude il torneo con 5 pareggi consecutivi posizionandosi in quella terra di mezzo che non è ne troppo vicina ai play-off ne troppo lontana dai play-out. Un altro campionato anonimo insomma. A fine campionato i Matarrese annunciano che non verrà rinnovato il contratto a Carboni. Il tecnico lascia la Puglia dopo aver collezionato un 12° e un 13° posto.

Mentre l'Italia di Lippi vince la sua quarta coppa del mondo a Bari si progetta la squadra per la nuova stagione. Carboni viene rimpiazzato dall'emergente Rolando Maran che l'anno prima era stato esonerato dal Brescia nonostante si trovasse al quinto posto in classifica. La nuova B si preannuncia difficile vista la presenza di tre corazzate come Juventus (retrocessa per lo scandalo di calciopoli), Genoa e Napoli. Eppure i galletti dopo sedici giornate sono, a sorpresa, in lotta per la zona play-off. Il Bari si è appena aggiudicato il derby col Lecce, che mancava da 5 anni, con un netto 3-1 al Via del Mare. Sono in molti a chiedere alla "famiglia" un sacrificio economico nel mercato di gennaio per rinforzare una squadra che sembra avere tutte le carte in regola per giocarsela fino in fondo. Ma ciò che succederà sarà uno dei tanti errori compiuti dai Matarrese che contribuiranno a creare un solco tra loro e la città. La squadra viene quasi smantellata; la cessione di Gazzi nelle ultime ore del calciomercato è la goccia che fa traboccare il vaso. Le polemiche e le tensioni che scaturiscono si riversano sulla squadra che comincia a perdere posizioni. Maran viene esonerato e al suo posto arriva Giuseppe Materazzi (già a Bari dal '93 al '95). Materazzi conduce i galletti ad una salvezza soffertissima tra contestazioni, infortuni a raffica e un tentativo di ammutinamento di alcuni senatori che chiedevano alla società il ritorno di Maran. A fine stagione cambia anche il ds, va via Pari arriva dal Siena Giorgio Perinetti. 

L'estate 2007 trascorre con l'attenzione dei tifosi rivolta verso la trattativa per la cessione del club tra i Matarrese e una cordata composta dagli imprenditori monegaschi Cohen e Vedeo, portati a Bari dall'antiquario Paolo Stancarone. La trattativa, iniziata ad agosto si concluderà con un nulla di fatto. In campionato i galletti hanno dei risultati altalenanti totalizzando 3 vittorie e 3 sconfitte nelle prime sei gare. Segue poi un periodo di difficoltà culminato nell'umiliante 0-4 rimediato in casa col Lecce, il 22 dicembre. Materazzi, confermato dalla società nonostante la pesante sconfitta, si dimette qualche giorno dopo. Perinetti chiama in panchina un giovane allenatore che l'anno prima era retrocesso in serie C con l'Arezzo: Antonio Conte. L'esordio dell'ex centrocampista della Juventus sulla panchina biancorossa non è dei migliori. Il Bari totalizza un punto in quattro partite. Perinetti corre ai ripari; arrivano quattro giocatori: i difensori Masiello e Marchese e i centrocampisti Kamatà e Jadid. I risultati cominciano ad arrivare: nelle restanti 19 partite i galletti mantengono un ritmo da play-off con ben 34 punti conquistati. E il 17 maggio si tolgono lo sfizio di andare a vincere in casa del Lecce vendicando la sconfitta patita nella gara d'andata. Il contratto di Conte, in scadenza a giugno, viene rinnovato per un altro anno.